Contribuant à la vie de l'association, l'AFITE a constitué des Commissions Thématiques, réservées à ses membres, qui, animées par des adhérents bénévoles, se réunissent généralement en fin de journée, pour travailler sur des sujets généraux ou particuliers. Ces commissions traitent ou ont traité de : la réglementation, les déchets, l'eau, le bruit, etc. Chaque Commission travaille sous l'autorité d'un Président, qui n'est pas forcement membre du Bureau de l'AFITE, avec un Secrétaire de Commission, qui rapporte au Bureau l'activité déployée, afin qu'elle soit portée à la connaissance des adhérents via le bulletin AFITE INFORMATIONS. Le caractère « association de personnes physiques » de l'AFITE lui confère un caractère de neutralité, aussi bien vis-à-vis des pouvoirs publics que des industriels, ce qui lui permet de faire passer des messages sans apparaître comme un lobby cherchant à refuser ou imposer une réglementation. C'est tout simplement l'expression d'une réelle compétence en matière d'environnement.
